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鄂志国—稻作数据信息化领域的勤恳探索者

文章来源:水稻所 | 作者:  点击数: 次 | 发布时间:2020-11-18 | 【 字体:    

  说起水稻科研,普通人的第一印象就是科研人员奋战在田间地头辛苦劳作,或者没日没夜在实验室里做研究,然而,在中国水稻研究所,有这样一位勤恳奋斗的科研人员,他在水稻科研的另一条战线——信息化领域兢兢业业二十年,为水稻科技创新作出了自己独特的贡献,他就是水稻所信息中心副研究员鄂志国。

  

另辟蹊径 立志投身信息化

  1996年鄂志国考入华中农业大学农学专业,一次偶然的机会,他接触到Foxbase数据库,同时他看到带领学生们田间实习的老师们仍拿着铅笔和记载本,涂涂改改,他意识到未来农业的发展需要信息化。因此,在大学期间,他自学了ASP、DHTML、VB、javascript和SQL等编程语言和数据库技术。

  毕业后来到中国水稻研究所科技信息中心工作,刚好能学以致用。从零开始,鄂志国开始着手构建国家水稻数据中心(ricedata.cn),重点是品种系谱数据库、功能基因数据库和本体(ontology)系统。由于没有任何可借鉴的范本,没有一行可以直接使用的代码,所有的数据库结构和程序设计,都需要鄂志国一手创制。程序的难度不是简单的结果输出,而是算法,即如何让程序实现得既准确又快捷。仅一个本体系统设计,他就苦思了3个多月,那段时间,他连吃饭走路的时候脑中都在想着如何实现算法。最终功夫不负有心人,通过多个方案的运行比较和逐行代码的验证,本体、系谱树、骨干亲本评价和基因结构图等重要模块的算法,被他逐一攻破,国家水稻数据中心正式建立。

  经近20年的发展, 国家水稻数据中心合计收录数据已超过262万份,存储量100G+,当前日均访问量近2000个IP,全世界排名2.8万位,国内农业或生物学同类科研网站中排第1,已累计被国内800+篇中文文献和400篇SCI论文引用,网站的广告开发收入也逐年递增。

  国家水稻数据中心为科研人员在生物大数据和水稻育种需求之间架设了一道桥梁,得到用户的广泛好评。截至目前全国也仅该数据库平台能提供水稻骨干亲本全部衍生后代追溯服务,仅这项服务就帮助国内多个育种团队评价了其选育的亲本在国内水稻育种中的地位和价值,为其申报国家级和省级奖励提供了极其重要的证明材料。“可以这么说,国内做水稻科研的可能没有多少人知道鄂志国,但肯定没有多少人不知道国家水稻数据中心。”鄂志国自豪地说道

  

有求必应  服务科研无怨悔

  农学背景加上熟练的计算机技术,鄂志国在确保做好科研本职工作的同时,还为研究所里分担起网络和计算机维护等服务性工作。他对同事们的求助总能毫无保留地积极回应,电脑杀毒、网络故障、软硬件使用、SCI投稿,甚至文献下载等等,这一干就是二十年。

  记得刚到水稻所那几年,电脑和网络刚开始发展,老一辈科研人员对电脑使用很是不熟练,鄂志国常常从如何上网、如何安装工具软件以及如何收发电子邮件开始教会他们;一些科研人员产生的图片需要美化,他也用那并不具备艺术细胞的天赋,照葫芦画瓢地用Photoshop帮他们进行美化修饰,平面设计专业的人员2小时就能完成的工作,他可能需要花上1天;遇到更棘手的问题,如木马病毒什么的,他通常也是一边网上寻找解决办法,一边帮同事处理问题。近几年遇到一些新问题,如访问国外网站慢,这是一个普遍性的问题,没有很好的解决办法。为解决英文投稿,他每年自费数百元,买了个VPN账号,自己投了2次后,发现能较好解决投稿问题。对用一些不用权限就能下载的国外科研文献,也能完美解决。此后,他通过这种方法帮助所内多位有需求的同事投稿或下载文献。

  服务性工作琐碎但繁杂,常常将连续性的工作时间打得支离破碎,影响了正常的科研工作。所以,几乎每个周六和周日,总能看到鄂志国来所里加班的身影,他已习惯于利用周末时间,集中处理平时积累的一些问题。同课题组的同事常常惊讶于鄂志国为啥有这么多工作需要加班,对此,鄂志国一直无怨无悔,“能用我自己的技术为大家做点微不足道的帮助,我觉得心里很高兴!”

  

勇攀高峰 积极面对新挑战

  近些年,信息技术在生物学领域的应用突飞猛进,基于高通量测序和多组学生物大数据分析的生物信息学得到长足发展。鄂志国关注到了其广阔的应用前景,也适时切入该领域,开展了水稻生物信息学研究工作,包括对基因组、转录组、表观组等高通量测序数据的分析。他从水稻基因组中鉴定了8个核因子Y (NF-Y)编码基因,发现它们主要在胚乳中表达。此外,他还从水稻中鉴定了208个印记基因,并对多个水稻基因家族开展了全基因组分析等等。相关工作以顺数第一作者或通讯作者发表SCI论文6篇,影响因子合计23.952。针对发表论文中用到的一些程序代码,遇到所内和所外有科研人员需要,他也是毫无保留地直接将原代码拷贝给他们,无偿共享。

  同时,鄂志国还帮助水稻生物学国家重点实验室负责运管用于生物信息分析的高性能计算集群。管理价值几百万的服务器这是一个全新的挑战。他每天上班第一件事和下班最后一件事,就是打开软件,例行检查服务器集群各个计算节点的运行状态。日常的“巡检”中,仅2020年就分别发现内存和硬盘的两次报错,从而避免了坏点后续对集群潜在的更大损害,为单位节省了十多万维修费用。有两次,集群晚上临界温度反复告警,吓得他一晚没休息好,醒来好几次,第二天5点多就赶到单位机房排除异常问题。而且,接手计算机集群之初,对整个系统也是一知半解,他只能边学边管、现学现用。集群用户碰到的有些问题,他常常得先自行研究半天。关键是,所有的这些服务,以及电脑网络维护工作,他从没有向任何课题组或个人收过1分钱。

  如今,老一辈科学家口中那个有求必应的小鄂,已成年轻科学家眼中有困难就找的鄂老师。在科研支撑服务岗位上默默耕耘二十年的鄂志国,仍然保持着对信息化科研的极大的探索热情,期盼着用自己的努力成果,为水稻科研作出自己的贡献!